Hidrología
El Trías se ha considerado tradicionalmente como el sustrato impermeable sobre el que se apoyan los acuíferos de la región, aunque el hecho es que localmente pueden comportarse como permeables a causa de los procesos karsticos que han modificado su carácter primitivo.
De los materiales que descansa sobre el Trías son permeables y constituyen acuíferos de las formaciones calizodolomíticas de la base del Jurásico que aflora en las Sierras de Mollina, Humilladero y los Caballos por una parte y las calcarenitas por otra. También los derrubios y rellenos cuaternários son acuíferos, aunque de menor entidad que los anteriores pues su importancia está siempre ligada a la relación hidrogeológica que con ellos mantienen.
La circulación subterránea en este conjunto de acuíferos tiene lugar desde los límites del sistema hacia el centro de la cuenca, donde la laguna constituye el nivel de la base del sistema produciéndose en ella la descarga de los acuíferos. La inmensa evaporación que ocurre en la Laguna de Fuente de Piedra durante la mayor parte del año, favorece un continuo flujo subterráneo hacia ella.
Superficialmente, desembocan en la Laguna cuatro arroyos de distinta entidad y actualmente, temporales, siendo el mas importante el de Santillan que nace al pie de la Camorra de Mollina y recorre 7 Kms antes de verter sus aguas en la Laguna. El Arroyo del Charcon o de Humilladero le sigue en importancia con cuatro Kms de recorrido mientras que los Arroyos de los Arenales y de Mari Fernandez se encuentran prácticamente agotados la mayor parte del año.
Varias lagunillas dulces circundan la masa salobre permitiendo la existencia de especies animales y vegetales que dependen por entero de estos medios, otras han sido ordenadas y cultivadas aun cuando la realidad demuestra que, una vez desecadas, no son productivas para la agricultura.